A coleta dos óvulos é realizada através de punção via fundo de saco vaginal guiada por ultra-sonografia transvaginal com uma agulha especial que ao penetrar os folículos nos ovários, os esvazia através de pressão negativa através de uma bomba especial à vácuo. Todo o procedimento é realizado com a paciente sob sedação, monitorizada e acompanhada por um anestesista por toda a duração da coleta. O líquido aspirado de cada folículo é então avaliado por um embriologista que separa os óvulos que encontra para posterior fertilização dos mesmos. Habitualmente a coleta dos óvulos dura cerca de 20 minutos.